Olá Victor, para poder te ajudar, preciso de mais alguns detalhes. Você Matriz e mais duas filiais? Você quer canalizar o tráfego de internet das filiais para a Matriz? Ou seria apenas tráfego de intranet para rodar alguma sistema compartilhado? Você quer colocar pfSense abaixo do Mikrotik? Aguardo mais detalhes, assim posso te ajudar com segurança.