Buenos días,
¿Con qué banco trabajas? Hay pasarelas de pago de casi todos los bancos. Lo ideal es que la compres, pues desarrollar una te va a resultar mucho más caro.
En cuanto al CSV, yo le podría dar formato para subirlo fácilmente a WooCommerce con un plugin. Te dejaría una hoja de cálculo en la que podrás pegar los CSV del proveedor (tienen que tener siempre el mismo formato) y te dará como resultado en una pestaña el CSV para importarlo a la página.
Yo te haría la primera importación y te explicaría como funciona todo.
Si te parece, estamos en contacto.
Un saludo,
Sergio